蘑菇采后呼吸作用旺盛，在常溫下很快開傘、褐變、變味、品質敗壞，只能作短期貯藏。干制的蘑菇容易保存，但營養價值下降，加工處理不及時也會造成嚴重損失。因此，采后貯運銷售及加工前需采取措施，以防蘑菇品質下降。
蘑菇貯藏的適宜條件為0℃和95%的相對濕度，蘑菇的失水與黑柄和開傘有關，用薄膜包裝或保持相對濕度高于95%可減少失水。氣調貯藏可抑制蘑菇褐變，控制在2～4%的氧和5～10%的二氧化碳有利于保持蘑菇的白色和延長貯藏壽命。采用鹽水、檸檬酸、抗壞血酸、二氧化硫或蒸汽熱處理均能鈍化多酚氧化酶活性，防止酶促褐變；貯運中應避免用金屬容器裝菇，以防產生非酶促褐變。
常用貯藏及處理方法：
1、氣調整藏
(1)自發氣調：將蘑菇裝在0.04～0.06毫米厚的聚乙烯袋中，通過蘑菇自身呼吸造成袋內的低氧和高二氧化碳環境。包裝袋不宜過大，一般以可盛裝容量2～4斤為宜，在0℃下5天品質保持不變。
(2)充二氧化碳：將蘑菇裝在0.04-0.06毫米厚的聚乙烯袋中，充入氮氣和二氧化碳，并使其分別保持在2～4%和5～10%，在0℃下可抑制開傘和褐變。
(3)真空包裝：將蘑菇裝在0.06～0.08毫米厚的聚乙烯袋中，抽真空降低氧含量，0℃條件下可保鮮7天。
2、冰藏法
在運輸中加冰塊使菇體降溫，在包裝容器內墊一層塑料膜，底部放4～6厘米厚的碎冰，在中部放置冰袋，四周放置蘑菇，裝八成滿時將四周薄膜向內折疊，膜上再蓋厚約5厘米的碎冰，最后加蓋運輸。
3、缸藏法
在洗凈的缸底部放3～4厘米深的冷水，上設木架，將蘑菇碼在其上，然后用塑料薄膜封口，置于低溫下貯藏。
4、藥物處理
(1)鹽水。蘑菇采后用0.6%的冷鹽水清洗并浸泡10分鐘，可起預冷和防止褐變的作用，瀝干水分進行貯藏。若鹽水洗后，再用0.1%抗壞血酸或0.1%檸檬酸漂洗后貯藏，效果更好。瀝干，裝入塑料袋中冷藏。
(2)焦亞硫酸鈉。采后用0.02%焦亞硫酸鈉洗去雜物，再放入0.05%的焦亞硫酸鈉中半小時，清水洗凈后，瀝干貯藏，有很好護色作用。
5、輻照
γ射線輻照可防止鮮蘑菇變色，抑制呼吸和開傘，使用劑量為200～300拉德。
